Научно-организационный отдел по гематологии, трансфузиологии, донорству
Управление и контроль научно-методической, информационно-аналитической и организационной деятельности НМИЦ гематологии, организация межрегионального взаимодействия.

Сектор организационно-методического и научно-методического руководства по оказанию медицинской помощи по профилю «гематология»
Повышение качества, доступности, эффективности оказания медицинской помощи по профилю «гематология/онкология» в медицинских организациях субъектов РФ.

Группа анализа обеспечения лекарственными препаратами и обращения медицинских изделий в субъектах Российской Федерации
Проведение анализа обеспечения лекарственными препаратами и обращения медицинских изделий по профилю «гематология/онкология» в медицинских организациях субъектов РФ.

Отдел организации и оказания медицинской помощи с применением телемедицинских технологий по профилю «гематология»
Развитие телемедицинских технологий и обеспечение деятельности НМИЦ гематологии в качестве Федерального телемедицинского консультативного центра.

Отдел совершенствования оказания медицинской помощи по профилю «гематология»
Совершенствование организационных и методических аспектов оказания медицинской помощи по профилю «гематология/онкология».

Информационно-аналитический отдел
Подготовка, ведение и анализ данных клинических исследований и регистров, консультирование по различным вопросам медицинской статистики.

Отдел совместных региональных научно-исследовательских и инновационных проектов в сфере здравоохранения
Создание, внедрение, эксплуатация и актуализированная поддержка информационно-аналитических систем организации, учета, анализа, планирования и совершенствования оказания медицинской помощи по профилю «гематология/онкология» в медицинских организациях субъектов РФ.