Директору института Александру Багдасарову предписывалось «обеспечить непосредственно связь с институтами и станциями переливания крови на местах и давать оперативные указания по выполнению производственного плана».
К началу Великой Отечественной войны в СССР действовала лучшая в мире служба крови: семь институтов, 170 станций, 1778 кабинетов переливания крови.
В первые месяцы войны главными учреждениями заготовки консервированной крови стали Центральный институт переливания крови (ЦИПК) и Ленинградский институт переливания крови. С октября 1941 года Западный фронт разместил свой отдел переливания крови сначала в эвакуационном госпитале №2386, а затем в экспедиционном отделе ЦИПК. Снабжение кровью фронтов улучшалось с каждым месяцем.
В связи с тем, что многие станции переливания крови, развернутые в крупных городах, оказались в тыловых районах, Главное военно-санитарное управление приняло решение децентрализовать снабжение кровью действующей армии. Этому в немалой степени способствовали материалы, опубликованные сотрудниками Института переливания крови М.С. Дульциным и А.С. Кукель по организации массовой заготовки консервированной крови, в которых они указывали на необходимость децентрализации донорства. Фронтам направляли кровь 22 станции.
За первый год войны Институт переливания крови поставил для фронта более 55 тонн консервированной крови. В 1942 году московские станции переливания крови и Центральный институт переливания крови направили в действующую армию 69 628 литров крови. Такой объем работы потребовал создания специального диспетчерского аппарата, способного распределять консервированную кровь и кровезаменители между фронтами. Его создали в Москве при распределительном эвакуационном пункте 33 (РЭП-33) на базе ЦИПК. В это время А. А. Багдасаров разработал штат фронтовых и армейских отделов переливания крови и фронтовой станции переливания крови.
За годы войны в СССР было сделано 5,5 млн. донаций крови, а в лечебных учреждениях Советской Армии произведено около 7 млн гемотрансфузий.
