Bioinformatics Hackathon'2023 проходил в г. Ереване с 11 по 13 августа. Участвовали 20 команд, в том числе из России, Сербии, Германии, Армении.
Организатором выступил Институт исследований и образования в области биоинформатики, Сербия (IBRE).
Мероприятие объединило команды биологов, врачей, аналитиков и программистов для совместного решения реальных задач в области анализа биологических данных. От НМИЦ гематологии Минздрава России в Хакатоне приняли участие сотрудники сектора научных исследований химиотерапии гемобластозов, депрессий кроветворения и трансплантации костного мозга Михаил Дроков, Екатерина Михальцова и Ульяна Масликова.
Привычно считать, что Хакатон – это соревнование между командами в IT-сфере. Однако в эпоху цифровизации и искусственного интеллекта коллаборация специалистов из различных областей востребована и в медицине.
«Хакатон - это, прежде всего соревнование по организации научного процесса в малых группах. В данном случае врачи, биостатистики и биоинформатики на время объединяются для решения нетиповых задач», – рассказал Михаил Юрьевич.
Процесс оптимизации любой стратегии неразрывно связан с проверкой гипотез. Если раньше для подтверждения или опровержения новой гипотезы требовались годы, то сегодня, благодаря языкам программирования, доступности знаний первичный анализ данных можно сделать за несколько часов. Участникам Bioinformatics Hackathon'2023 для решения задач было отведено 48 часов.
Михаил Юрьевич и Екатерина Дмитриевна выступили в качестве руководителей команд «TripToFun» и «Natural Killers» представив проекты «Анализ иммунологического ландшафта Т-клеток и его связи с реакцией «трансплантат против хозяина» и «Оценка влияния KIR-рецепторов на нарушение функции трансплантата после аллогенной трансплантации гемопоэтических стволовых клеток».
«Мы предположили, что КIR рецепторы (киллерные иммуноглобулин-подобные рецепторы) на НК–клетках как-то могут быть связаны с с развитием несостоятельности трансплантата. Достоверных результатов нет, есть только теория. Мы вместе с биостатистиками смотрели, есть ли зависимость между несостоятельностью и выявлением тех или иных KIR рецепторов на клетках», – рассказала Екатерина Дмитриевна.
Участникам команд на основе сформулированных целей и задач, соблюдая четкие условия, требовалось завершить проекты в указанные сроки. Для этого использовались различные модели прогнозирования и языки программирования.
В результате команда «TripToFun» с проектом «Анализ иммунологического ландшафта Т-клеток и его связи с реакцией «трансплантат против хозяина» под руководством к.м.н. Михаила Дрокова заняла первое место.
Представленные на Хакатоне проекты – это не великие открытия, претендующие на Нобелевскую премию. Однако участники имеют возможность погрузиться в рабочие процессы биостатистики и биоинформатики. А полученные навыки и умения помогут в карьере ученого и, возможно, в новых открытиях. Тем более, что программное обеспечение, которое выполняет сложную аналитику, уже сейчас используется в реальной клинической практики. Полученные результаты и подобного рода мероприятия содействуют разработке современных инструментов с открытым исходным кодом и новых методов анализа биомедицинских данных для ускорения научных инноваций и открытий.
