В состав управления входят:
- центр инновационного медицинского образования;
- ученая часть;
- научная библиотека;
- сектор иммунофенотипирования клеток крови и костного мозга;
- лаборатория физиологии кроветворения;
- испытательная лаборатория отдела экспертизы, контроля и изучения качества, эффективности, безопасности средств трансфузионной и инфузионной терапии;
- отдел диагностики и лечения гематологических заболеваний;
- отдел хирургии;
- отдел орфанных заболеваний;
- отдел реанимации и интенсивной терапии;
- отдел микробиологии и антимикробной терапии;
- отдел химиотерапии парапротеинемических гемобластозов;
- лаборатория патологии и фармакологии гемостаза;
- лаборатория биоклиники и экспериментальных животных;
- лаборатория математического моделирования биологических процессов;
- научно-организационный отдел;
- лаборатория эпигенетической регуляции кроветворения;
- отдел молекулярной генетики.